השלב הפעיל הוא השלב הראשון של התוכנית הביולוגית, המתחיל עם קרות הקונפליקט. שלב זה מתאפיין בסטרס משמעותי הנמשך, ברמה משתנה, בכל מהלכו ועד שנמצא פתרון לקונפליקט. תסמיני הסטרס העיקריים הם תחושת קור כללית אך בעיקר בקצוות הגפיים, מחשבות כפיתיות על נושא הקונפליקט, תיאבון ירוד, שינה ירודה והתעוררות מוקדמת עם שחר. במקביל, ברקמת המטרה של הקונפליקט יכול להתפתח גידול תאים, בקבוצה אחרת של רקמות יכול להתפתח נמק או כיוב (שניהם מביאים להווצרות פצעים פנימיים או חיצוניים, בהתאם לרקמה). בקבוצה נוספת יש ירידת תפקוד (לדוגמה, שיתוק בשרירים מסויימים). כאמור, כל התגובות הללו נמשכות עד מציאת פתרון לקונפליקט. רקמת המטרה של הקונפליקט היא אותה רקמה שהפסייכי ‘חושב’ ששינוי בה יסייע בהתמודדות העם הקונפליקט (לדוגמה, תוספת תאים בקיבה לתגבור הפרשה, הפחתת תאים בעור באיזור שנגע במשהו לא רצוי, וכדומה). במרבית המקרים השלב הפעיל לא מלווה בתסמיני "מחלה" משמעותיים ואדם הנמצא בו לרוב לא יגיע להבדק רפואית, כך שבמרבית המקרים הגידול או הכיב הנוצרים כעת חומקים מ"גילוי מוקדם".
למידע נוסף ראו החוק השני של הרפואה החדשה